Chavigny n’avait pas attendu d’être relevé de ses fonctions. Dès que la disgrâce de son père avait été certaine, il s’était retiré et avait vendu sa charge de secrétaire d’État à Henri de Loménie de Brienne. Mazarin le fit cependant rentrer au Conseil comme secrétaire d’État, en septembre 1643 (Triaire).