{"id":20777,"date":"2020-09-28T09:36:38","date_gmt":"2020-09-28T07:36:38","guid":{"rendered":"https:\/\/numerabilis.u-paris.fr\/medica\/blog\/?p=20777"},"modified":"2020-10-07T11:00:59","modified_gmt":"2020-10-07T09:00:59","slug":"nouveau-pubmed-ce-quil-faut-savoir","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/numerabilis.u-paris.fr\/medica\/blog\/index.php\/nouveau-pubmed-ce-quil-faut-savoir\/","title":{"rendered":"Nouveau Pubmed : ce qu\u2019il faut savoir"},"content":{"rendered":"<p>Peut-\u00eatre certains et certaines d\u2019entre vous ont pu le d\u00e9couvrir d\u00e8s septembre 2019, ou encore avant sous le nom de Pubmed Labs : depuis mai dernier, Pubmed, le principal moteur de recherche en sciences biom\u00e9dicales produite par la National Library of Medicine (NLM), s\u2019est dot\u00e9e d\u2019une nouvelle interface et a fait \u00e9voluer plusieurs de ses fonctionnalit\u00e9s.<\/p>\n<p>Nous pr\u00e9senterons ici les \u00e9volutions les plus significatives de la base de donn\u00e9es. Toute l\u2019\u00e9quipe de la BIU Sant\u00e9 est par ailleurs sur le pont pour produire un tutoriel complet<a href=\"#_ftn1\" name=\"_ftnref1\">[1]<\/a>.<\/p>\n<p><strong><u>Une nouvelle interface<\/u><\/strong><\/p>\n<p>L\u2019essentiel des modifications ont concern\u00e9 l\u2019interface de navigation de Pubmed\u00a0:<\/p>\n<ul>\n<li>La nouvelle interface de la base de donn\u00e9es s\u2019adapte automatiquement sur smartphone, tablette ou ordinateur.<\/li>\n<li>L\u2019affichage des r\u00e9sultats s\u2019est am\u00e9lior\u00e9\u00a0: les mots-clefs recherch\u00e9s sont maintenant surlign\u00e9s en gras dans les r\u00e9sultats.<\/li>\n<li>Il est possible d\u2019afficher jusque 200 r\u00e9sultats par page.<\/li>\n<li>L\u2019affichage des articles et la navigation entre ceux-ci sont facilit\u00e9es\u00a0: vous pouvez passer rapidement d\u2019un article \u00e0 un autre \u00e0 l\u2019aide des fl\u00e8ches situ\u00e9es \u00e0 droite ou \u00e0 gauche (ou avec les fl\u00e8ches Prev et Next situ\u00e9es en bas de l\u2019\u00e9cran sur smartphone), et l\u2019onglet \u00ab\u00a0Articles similaires\u00a0\u00bb est plus facile d\u2019acc\u00e8s.<\/li>\n<li>Il vous est \u00e9galement plus facile de naviguer au sein de la pr\u00e9sentation d\u2019un article via le menu de la colonne de droite.<\/li>\n<li>L\u2019acc\u00e8s au texte int\u00e9gral des articles qui vous sont accessibles vous est propos\u00e9 en haut \u00e0 droite des notices des articles, via l\u2019option \u00ab\u00a0Full text link\u00a0\u00bb.<\/li>\n<li>La majorit\u00e9 des options et en particulier des filtres disponibles sont toujours accessibles dans le menu \u00e0 gauche de l\u2019\u00e9cran. Une nouvelle option vous permet d\u2019afficher et d\u2019exporter le nombre de r\u00e9sultats publi\u00e9s par ann\u00e9e pour votre recherche.\n<p><figure id=\"attachment_20778\" aria-describedby=\"caption-attachment-20778\" style=\"width: 248px\" class=\"wp-caption aligncenter\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" class=\"size-full wp-image-20778\" src=\"https:\/\/numerabilis.u-paris.fr\/medica\/blog\/wp-content\/uploads\/pubmed1.png\" alt=\"\" width=\"248\" height=\"192\" \/><figcaption id=\"caption-attachment-20778\" class=\"wp-caption-text\">Ventilation des r\u00e9sultats par ann\u00e9e pour une recherche sur \u00ab Down syndrome \u00bb<\/figcaption><\/figure><\/li>\n<\/ul>\n<p>Cette nouvelle interface offre \u00e9galement de nouvelles options de citations d\u2019articles et d\u2019export de r\u00e9f\u00e9rences\u00a0:<\/p>\n<ul>\n<li>Depuis la page de recherche, vous pouvez s\u00e9lectionner plusieurs r\u00e9sultats pour les exporter vers le clipboard o\u00f9 ils seront conserv\u00e9s pendant 8 heures (avec le bouton Send to) ou produire un fichier qui contienne ces r\u00e9f\u00e9rences bibliographiques (avec le bouton Save). Attention toutefois, le format RIS n\u2019est plus pris en charge\u00a0: l\u2019export dans un logiciel de gestion bibliographique n\u00e9cessite de passer par le format Pubmed.<\/li>\n<li>L\u2019option Cite (accessible d\u00e8s la page de recherche) vous permet de r\u00e9cup\u00e9rer la r\u00e9f\u00e9rence bibliographique d\u2019un article selon la norme de votre choix (AMA, APA, MLA ou\u00a0NLM).<\/li>\n<\/ul>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<p><strong><u>De nouvelles modalit\u00e9s de recherche<\/u><\/strong><\/p>\n<p>Le projet initial du nouveau Pubmed est de r\u00e9pliquer dans la base de donn\u00e9es des modes de recherche auxquels ses utilisateurs et utilisatrices ont l\u2019habitude sur d\u2019autres sites, en particulier sur les moteurs de recherche g\u00e9n\u00e9ralistes. Cette volont\u00e9 se traduit par l\u2019adoption d\u2019un algorithme de pr\u00e9sentation des r\u00e9sultats, le \u00ab\u00a0<strong>Best match<\/strong> \u00bb, s\u00e9lectionn\u00e9 par d\u00e9faut dans l\u2019interface du nouveau Pubmed. En lieu et place du pr\u00e9c\u00e9dent mode d\u2019affichage des r\u00e9f\u00e9rences les plus pertinentes, qui recherchait la fr\u00e9quence d\u2019utilisation d\u2019un mot-clef dans un titre, un abstract ou un article, le Best match s\u2019appuie sur tout un ensemble de donn\u00e9es pour ordonner les r\u00e9f\u00e9rences : ann\u00e9e de parution de la r\u00e9f\u00e9rence, type de publication, langue, etc. Ainsi remontent en premier les r\u00e9sultats les plus r\u00e9cents ou disposant du plus haut niveau de preuve (revues syst\u00e9matiques et m\u00e9ta-analyses). L\u2019algorithme se veut par ailleurs \u00e9volutif selon les usages des utilisateurs de Pubmed.<\/p>\n<p>Le bouton \u00ab Display options \u00bb vous permet de revenir \u00e0 d\u2019autres modes d\u2019affichage des r\u00e9sultats, notamment par date de publication.<\/p>\n<p>Outre l\u2019impl\u00e9mentation de cet algorithme, la NLM a fait \u00e9voluer le fonctionnement m\u00eame de la recherche sur Pubmed avec <strong>l\u2019Automatic Term Mapping<\/strong> ou ATM. Lorsque vous recherchez un terme sur Pubmed, le moteur de recherche va automatiquement raccorder ce terme au mot-clef Mesh qui lui correspond ainsi qu\u2019\u00e0 tout un ensemble de synonymes\u00a0: il s\u2019agit du mapping. Ainsi, une recherche avec \u00ab\u00a0cancer\u00a0\u00bb va automatiquement mener au mot-clef \u00ab\u00a0neoplasms\u00a0\u00bb. Dans le cadre du nouveau Pubmed, cette recherche est maintenue \u00e9tendue\u00a0:<\/p>\n<ul>\n<li>\u00e0 davantage de variations et de synonymes\u00a0: \u00ab\u00a0cancer\u00a0\u00bb m\u00e8ne toujours \u00e0 \u00ab\u00a0neoplasms\u00a0\u00bb mais aussi \u00e0 \u00ab\u00a0cancerization\u00a0\u00bb, \u00ab\u00a0cancerous\u00a0\u00bb, \u00ab\u00a0canceration\u00a0\u00bb, etc.<\/li>\n<li>aux pluriels des termes recherch\u00e9s\u00a0: tooth comprend teeth.<\/li>\n<li>aux \u00e9quivalents anglais et am\u00e9ricains d\u2019un m\u00eame mot : \u00ab\u00a0labor pain\u00a0\u00bb recherche \u00e9galement \u00ab\u00a0labour pain\u00a0\u00bb.<\/li>\n<\/ul>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<figure id=\"attachment_20790\" aria-describedby=\"caption-attachment-20790\" style=\"width: 400px\" class=\"wp-caption aligncenter\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" class=\"wp-image-20790\" src=\"https:\/\/numerabilis.u-paris.fr\/medica\/blog\/wp-content\/uploads\/pubmed5-300x155.png\" alt=\"\" width=\"400\" height=\"207\" srcset=\"https:\/\/numerabilis.u-paris.fr\/medica\/blog\/wp-content\/uploads\/pubmed5-300x155.png 300w, https:\/\/numerabilis.u-paris.fr\/medica\/blog\/wp-content\/uploads\/pubmed5-768x398.png 768w, https:\/\/numerabilis.u-paris.fr\/medica\/blog\/wp-content\/uploads\/pubmed5.png 850w\" sizes=\"(max-width: 400px) 85vw, 400px\" \/><figcaption id=\"caption-attachment-20790\" class=\"wp-caption-text\">Interpr\u00e9tation de la recherche \u00ab cancer \u00bb sur l\u2019ancien Pubmed (gauche) et le nouveau Pubmed (droite)<\/figcaption><\/figure>\n<p>Les r\u00e8gles de troncature ont \u00e9galement \u00e9volu\u00e9\u00a0:<\/p>\n<ul>\n<li>Il n\u2019y a maintenant plus de limite au nombre de variations recherch\u00e9es avec une troncature (contre 600 variations maximum auparavant).<\/li>\n<li>La troncature peut \u00eatre utilis\u00e9e avec des guillemets pour chercher les diff\u00e9rentes variantes d\u2019une expression fig\u00e9e\u00a0: ainsi, \u00ab\u00a0\u00ab\u00a0occupational therap*\u00a0\u00bb\u00a0\u00bb pour trouver \u00ab\u00a0occupational therapy\u00a0\u00bb et \u00ab\u00a0occupational therapists\u00a0\u00bb, etc.<\/li>\n<li>Attention, l\u2019utilisation d\u2019une troncature doit \u00eatre pr\u00e9c\u00e9d\u00e9e d\u2019au moins quatre caract\u00e8res pour \u00eatre reconnue.<\/li>\n<\/ul>\n<p>Enfin, la refonte de Pubmed a permis <strong>d\u2019am\u00e9liorer la recherche avanc\u00e9e<\/strong>. Les anciennes options sont toujours disponibles\u00a0: vous pouvez composer votre recherche \u00e0 partir de votre historique ou en rentrant des requ\u00eates sp\u00e9cifiques.<\/p>\n<p>D\u00e9sormais, vous pouvez aussi corriger \u00e0 la vol\u00e9e les \u00e9quations de recherche que vous composez ou y ins\u00e9rer les r\u00e9f\u00e9rences collect\u00e9es dans le clipboard.<\/p>\n<p>L\u2019historique de la recherche avanc\u00e9e donne \u00e9galement acc\u00e8s aux \u00ab\u00a0Search details\u00a0\u00bb qui vous renseignent sur la mani\u00e8re dont Pubmed a interpr\u00e9t\u00e9 vos requ\u00eates.<\/p>\n<figure id=\"attachment_20782\" aria-describedby=\"caption-attachment-20782\" style=\"width: 300px\" class=\"wp-caption aligncenter\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" class=\"wp-image-20782 size-medium\" src=\"https:\/\/numerabilis.u-paris.fr\/medica\/blog\/wp-content\/uploads\/pubmed4-300x214.png\" alt=\"\" width=\"300\" height=\"214\" srcset=\"https:\/\/numerabilis.u-paris.fr\/medica\/blog\/wp-content\/uploads\/pubmed4-300x214.png 300w, https:\/\/numerabilis.u-paris.fr\/medica\/blog\/wp-content\/uploads\/pubmed4-768x548.png 768w, https:\/\/numerabilis.u-paris.fr\/medica\/blog\/wp-content\/uploads\/pubmed4.png 1007w\" sizes=\"(max-width: 300px) 85vw, 300px\" \/><figcaption id=\"caption-attachment-20782\" class=\"wp-caption-text\">La nouvelle interface de recherche avanc\u00e9e de Pubmed<\/figcaption><\/figure>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<p style=\"text-align: left;\"><strong><u>Pourtant, la nouvelle version de Pubmed n\u2019est pas totalement satisfaisante<\/u><\/strong><\/p>\n<p>Certains al\u00e9as d\u00e9coulent de la mise en place d\u2019un nouveau moteur de recherche\u00a0: ainsi des surinterpr\u00e9tations de requ\u00eate et des r\u00e9sultats incoh\u00e9rents. Par exemple, si \u00ab\u00a0assistive technology\u00a0\u00bb m\u00e8ne bien au mot-clef Mesh \u00ab\u00a0self help devices\u00a0\u00bb, \u00ab\u00a0assistive game\u00a0\u00bb renvoie \u00e0 \u00ab\u00a0dental assistants AND game\u00a0\u00bb.<\/p>\n<p>Par ailleurs, il est plus difficile qu\u2019auparavant de savoir comment Pubmed a interpr\u00e9t\u00e9 vos recherches. Le \u00ab\u00a0Search details\u00a0\u00bb s\u2019affichait auparavant sur la page de recherche, il est maintenant uniquement accessible dans les options de recherche avanc\u00e9e.<\/p>\n<p>Le moteur de recherche et le fonctionnement du mapping sont encore destin\u00e9s \u00e0 \u00e9voluer \u00e0 l\u2019avenir\u00a0: si vous d\u00e9tectez des erreurs ou des interpr\u00e9tations abusives, vous pouvez contacter la NLM via le <a href=\"https:\/\/support.nlm.nih.gov\/support\/create-case\/?category=pubmed\">\u00ab\u00a0Help Desk\u00a0\u00bb<\/a>.<\/p>\n<p>L\u2019\u00e9volution de la recherche sur Pubmed a d\u2019autres cons\u00e9quences plus probl\u00e9matiques. Du fait de l\u2019\u00e9volution du mapping et de la prise en charge de la troncature, une m\u00eame \u00e9quation de recherche utilis\u00e9e sur l\u2019ancien et le nouveau Pubmed ne renvoie plus au m\u00eame nombre de r\u00e9sultats ni aux m\u00eames r\u00e9f\u00e9rences. Que la diff\u00e9rence soit marginale ou importante (et elle peut l\u2019\u00eatre\u00a0: une recherche sur \u00ab\u00a0haemorrhage\u00a0\u00bb renvoie respectivement de 400\u00a0000 \u00e0 pr\u00e8s de 5 millions de r\u00e9sultats selon la version de Pubmed utilis\u00e9e), elle pose un probl\u00e8me essentiel pour la reproduction des requ\u00eates con\u00e7ues sous l\u2019ancienne interface.<\/p>\n<p>Autre difficult\u00e9, la prise en compte des dates de publication par Pubmed<a href=\"#_ftn2\" name=\"_ftnref2\">[2]<\/a>. A l\u2019aide du filtre de date disponible dans la colonne de filtre ou du code de champ [DP], Pubmed permet th\u00e9oriquement de retrouver l\u2019ensemble des r\u00e9f\u00e9rences parues entre deux p\u00e9riodes donn\u00e9es. Le champ [DP] de chaque r\u00e9f\u00e9rence est toutefois renseign\u00e9 diff\u00e9remment selon les publications\u00a0: seule l\u2019indication de l\u2019ann\u00e9e est obligatoire. Tous les r\u00e9sultats dot\u00e9s d\u2019une date de publication \u00ab\u00a02020\u00a0\u00bb peuvent ainsi \u00eatre capt\u00e9s par une recherche portant sur janvier 2020, y compris si leur publication effective est post\u00e9rieure. Cela ne permet pas de disposer de r\u00e9sultats fiables en recherchant des publications parues sur une p\u00e9riode pr\u00e9cise, autrement qu\u2019en interrogeant le champ Date de publication par ann\u00e9es enti\u00e8res.<\/p>\n<p>La nouvelle version de Pubmed s\u2019av\u00e8re plus efficiente et plus ergonomique si votre objectif est de faire des recherches rapides, \u00e0 la vol\u00e9e, pour trouver une ou plusieurs r\u00e9f\u00e9rences sur un sujet pr\u00e9cis. Dans le m\u00eame temps, les \u00e9volutions de la base de donn\u00e9es mettent en p\u00e9ril la reproductibilit\u00e9 des recherches, garantie de la qualit\u00e9 des revues syst\u00e9matiques et m\u00e9ta-analyses\u00a0: \u00e0 ce jour, la m\u00eame recherche r\u00e9alis\u00e9e sur l\u2019ancienne et la nouvelle version de Pubmed ne donnera pas les m\u00eames r\u00e9sultats, et il est parfois difficile de savoir comment Pubmed interpr\u00e8te une requ\u00eate complexe. Dans un cas comme dans l\u2019autre, ces transformations nous invitent \u00e0 repenser nos usages de la base de donn\u00e9es. D\u2019autres modifications sont encore \u00e0 pr\u00e9voir, en particulier l\u2019int\u00e9gration de la base Mesh et des options de compte MyNCBI dans le nouveau Pubmed.<\/p>\n<p><a href=\"#_ftnref1\" name=\"_ftn1\">[1]<\/a> A noter que la pr\u00e9c\u00e9dente version de Pubmed, \u00ab\u00a0Pubmed legacy\u00a0\u00bb, est accessible jusqu\u2019au 31 octobre <a href=\"https:\/\/pmlegacy.ncbi.nlm.nih.gov\/\">\u00e0 cette adresse<\/a>.<\/p>\n<p><a href=\"#_ftnref2\" name=\"_ftn2\">[2]<\/a> Voir \u00e0 ce sujet Garc\u00eda-Puente, Mar\u00eda\u00a0; Pastor-Ramon, Elena\u00a0; Agirre, Oskia\u00a0; Mor\u00e1n, Jos\u00e9-Mar\u00eda\u00a0; Herrera-Peco, Iv\u00e1n (2020). \u00ab\u00a0Research note. Open letter to the users of the new PubMed: a critical appraisal\u00a0\u00bb. <em>Profesional de la informaci\u00f3n<\/em>, v. 29, n. 3, e290336. <a href=\"https:\/\/doi.org\/10.3145\/epi.2020.may.36\">https:\/\/doi.org\/10.3145\/epi.2020.may.36<\/a><\/p>\n<p>&nbsp;<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Peut-\u00eatre certains et certaines d\u2019entre vous ont pu le d\u00e9couvrir d\u00e8s septembre 2019, ou encore avant sous le nom de Pubmed Labs : depuis mai dernier, Pubmed, le principal moteur de recherche en sciences biom\u00e9dicales produite par la National Library of Medicine (NLM), s\u2019est dot\u00e9e d\u2019une nouvelle interface et a fait \u00e9voluer plusieurs de ses &hellip; <a href=\"https:\/\/numerabilis.u-paris.fr\/medica\/blog\/index.php\/nouveau-pubmed-ce-quil-faut-savoir\/\" class=\"more-link\">Continuer la lecture<span class=\"screen-reader-text\"> de &laquo;&nbsp;Nouveau Pubmed : ce qu\u2019il faut savoir&nbsp;&raquo;<\/span><\/a><\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"_monsterinsights_skip_tracking":false,"_monsterinsights_sitenote_active":false,"_monsterinsights_sitenote_note":"","_monsterinsights_sitenote_category":0,"footnotes":""},"categories":[14],"tags":[19,92,272],"class_list":["post-20777","post","type-post","status-publish","format-standard","hentry","category-medecine-odontologie","tag-base-de-donnees","tag-pubmed","tag-services-aux-chercheurs"],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/numerabilis.u-paris.fr\/medica\/blog\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/20777"}],"collection":[{"href":"https:\/\/numerabilis.u-paris.fr\/medica\/blog\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/numerabilis.u-paris.fr\/medica\/blog\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/numerabilis.u-paris.fr\/medica\/blog\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/numerabilis.u-paris.fr\/medica\/blog\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=20777"}],"version-history":[{"count":12,"href":"https:\/\/numerabilis.u-paris.fr\/medica\/blog\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/20777\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":20804,"href":"https:\/\/numerabilis.u-paris.fr\/medica\/blog\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/20777\/revisions\/20804"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/numerabilis.u-paris.fr\/medica\/blog\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=20777"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/numerabilis.u-paris.fr\/medica\/blog\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=20777"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/numerabilis.u-paris.fr\/medica\/blog\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=20777"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}