{"id":9921,"date":"2016-04-19T14:00:09","date_gmt":"2016-04-19T12:00:09","guid":{"rendered":"https:\/\/numerabilis.u-paris.fr\/medica\/blog\/?p=9921"},"modified":"2016-06-13T09:47:11","modified_gmt":"2016-06-13T07:47:11","slug":"concepts-supplementaires-pubmed","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/numerabilis.u-paris.fr\/medica\/blog\/index.php\/concepts-supplementaires-pubmed\/","title":{"rendered":"PubMed : le MeSH et les concepts suppl\u00e9mentaires"},"content":{"rendered":"<p>Au moment de parcourir le <em><a href=\"http:\/\/www.ncbi.nlm.nih.gov\/mesh\" target=\"_blank\">MeSH Database<\/a><\/em>, en pr\u00e9alable \u00e0 l\u2019interrogation de la base <em><a href=\"http:\/\/www.ncbi.nlm.nih.gov\/pubmed\/\" target=\"_blank\">PubMed<\/a><\/em>, il arrive que l&rsquo;on rencontre un type de <strong>descripteur<\/strong> dont on ne comprend pas toujours le sens, voire l&rsquo;utilit\u00e9 : ce sont les <em><strong>Supplementary concepts<\/strong>.<\/em> Que sont donc ces \u00ab<em>concepts suppl\u00e9mentaires<\/em>\u00bb et \u00e0 quoi peuvent-ils servir pour interroger <em>PubMed<\/em> ?<\/p>\n<h2><strong>Quelques rappels sur le <em>MeSH<\/em><\/strong><\/h2>\n<p>Pour commencer, rappelons que le <em>MeSH<\/em> (<em>Medical Subject Headings<\/em>) est un <strong>vocabulaire contr\u00f4l\u00e9<\/strong> (ou <strong>th\u00e9saurus<\/strong>), c\u2019est-\u00e0-dire une liste de mots-cl\u00e9s normalis\u00e9s et hi\u00e9rarchis\u00e9s, utilis\u00e9 pour d\u00e9crire le contenu des articles r\u00e9f\u00e9renc\u00e9s dans <em>PubMed<\/em>.<\/p>\n<p>Le <em>MeSH<\/em> comprend (en 2016) environ <strong>27.000 termes<\/strong>, r\u00e9partis en <strong>16 arborescences<\/strong> et couvrant <strong>l\u2019ensemble du savoir biom\u00e9dical<\/strong>. Concr\u00e8tement, lors de la parution du num\u00e9ro d\u2019une revue index\u00e9e dans <em>PubMed<\/em>, les biblioth\u00e9caires de la NLM (<a href=\"https:\/\/www.nlm.nih.gov\/\" target=\"_blank\"><em>la <\/em>National Library of Medicine<em>, aux \u00c9tats-Unis<\/em><\/a>), aid\u00e9s par des m\u00e9decins sp\u00e9cialistes du domaine, attribuent \u00e0 chaque r\u00e9f\u00e9rence une dizaine de <strong>mots-cl\u00e9s<\/strong> pour d\u00e9crire le contenu de l\u2019article. Ces m\u00eames mots-cl\u00e9s, employ\u00e9s par l\u2019utilisateur de <em>PubMed<\/em>, permettent de cibler les documents correspondant \u00e0 un sujet de recherche.<\/p>\n<p><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" class=\"aligncenter size-full wp-image-10284\" style=\"border: 1px solid black;\" title=\"\" src=\"https:\/\/numerabilis.u-paris.fr\/medica\/blog\/wp-content\/uploads\/mesh.jpg\" alt=\"mesh\" width=\"650\" height=\"314\" srcset=\"https:\/\/numerabilis.u-paris.fr\/medica\/blog\/wp-content\/uploads\/mesh.jpg 650w, https:\/\/numerabilis.u-paris.fr\/medica\/blog\/wp-content\/uploads\/mesh-300x145.jpg 300w\" sizes=\"(max-width: 709px) 85vw, (max-width: 909px) 67vw, (max-width: 984px) 61vw, (max-width: 1362px) 45vw, 600px\" \/><!--more--><\/p>\n<p>Le <em>MeSH<\/em> est <a href=\"https:\/\/numerabilis.u-paris.fr\/medica\/blog\/index.php\/raison-sentiments-binge-drinking-mesh-2016\/\" target=\"_blank\">mis \u00e0 jour chaque ann\u00e9e<\/a> afin de prendre en compte les \u00e9volutions de la m\u00e9decine et les nouvelles d\u00e9couvertes scientifiques. Par exemple, devant l&rsquo;impressionnante progression de l&rsquo;\u00e9pid\u00e9mie due au virus <strong>Zika<\/strong> &#8211; et surtout pour prendre en compte l&rsquo;augmentation de la production scientifique sur le sujet -, la NLM vient de cr\u00e9er <a href=\"https:\/\/www.nlm.nih.gov\/mesh\/mid_year_changes.html\" target=\"_blank\">deux nouveaux mots cl\u00e9s<\/a> d\u00e9di\u00e9s au virus.<\/p>\n<p>L&rsquo;utilisation du <em>MeSH<\/em> est <strong>vivement recommand\u00e9e<\/strong> lors de l&rsquo;interrogation de <em>PubMed<\/em> afin d&rsquo;obtenir une liste de r\u00e9sultats exploitable et pertinente. Le <em>MeSH<\/em> est en effet associ\u00e9 \u00e0 plusieurs <strong>options<\/strong>, qui permettent de bien cibler sa recherche :<\/p>\n<ul>\n<li>Ajout d\u2019un <strong>qualificatif<\/strong> au mot-cl\u00e9 MeSH (<em>ex\u00a0: diagnosis<\/em>) pour pr\u00e9ciser le sens de celui-ci ;<\/li>\n<li><strong>Pond\u00e9ration\u00a0<\/strong>: interrogation d&rsquo;articles dont le mot-cl\u00e9 MeSH constitue le sujet principal de l\u2019article (<em>Major Topic<\/em>) ;<\/li>\n<li><strong>Explosion\u00a0<\/strong>: interrogation \u00e0 l\u2019aide du mot-cl\u00e9 <em>MeSH<\/em> et des termes plus pr\u00e9cis de l\u2019arborescence (<em>termes sp\u00e9cifiques<\/em>). L\u2019explosion a lieu par d\u00e9faut lors de l\u2019interrogation de <em>PubMed<\/em> ;<\/li>\n<li><strong>Association<\/strong> de deux descripteurs ou plus \u00e0 l\u2019aide des op\u00e9rateurs bool\u00e9ens (<em>AND, OR, NOT<\/em>) pour \u00e9laborer des requ\u00eates complexes.<\/li>\n<\/ul>\n<h2><strong>Et les concepts suppl\u00e9mentaires ?<\/strong><\/h2>\n<p>Malgr\u00e9 la richesse du <em>MeSH<\/em> &#8211; plus de <strong>27.000 descripteurs<\/strong>, associ\u00e9s \u00e0 87.000 synonymes ou termes rejet\u00e9s -, celui-ci ne couvre pas la totalit\u00e9 des notions pr\u00e9sentes dans les articles r\u00e9f\u00e9renc\u00e9s dans <em>PubMed<\/em>. En effet,\u00a0 toutes les notions ne sont pas consid\u00e9r\u00e9es par la NLM comme suffisamment trait\u00e9es dans la litt\u00e9rature pour faire l&rsquo;objet d&rsquo;un mot-cl\u00e9 <em>MeSH<\/em>.<\/p>\n<p>Il existe donc, \u00e0 c\u00f4t\u00e9 du <em>MeSH<\/em>,\u00a0 un <strong>index s\u00e9par\u00e9<\/strong> de plus de <strong>220.000 termes<\/strong> : ce sont les \u00ab<strong><em>concepts suppl\u00e9mentaires<\/em><\/strong>\u00bb. Ceux-ci servent essentiellement \u00e0 d\u00e9crire :<\/p>\n<ul>\n<li>des <strong>substances chimiques<\/strong> et des <strong>m\u00e9dicaments<\/strong> ;<\/li>\n<li>des <strong>maladies orphelines<\/strong>.<\/li>\n<\/ul>\n<p>La mise \u00e0 jour de cet index est <strong>hebdomadaire<\/strong> alors que celle du <em>MeSH<\/em> est annuelle.<\/p>\n<p>Lors de l&rsquo;interrogation du <em><a href=\"http:\/\/www.ncbi.nlm.nih.gov\/mesh\" target=\"_blank\">MeSH Database<\/a><\/em>, ces descripteurs sont signal\u00e9s par <strong>[Supplementary concept]<\/strong>.<\/p>\n<p>Chaque concept suppl\u00e9mentaire est rattach\u00e9 (<em>Heading Mapped To<\/em>) \u00e0 un ou plusieurs descripteurs <em>MeSH<\/em>. Dans le cas d&rsquo;un m\u00e9dicament, le terme est aussi rattach\u00e9 \u00e0 une <strong>classe pharmacologique<\/strong> (<em>Pharmacological Action<\/em>), un autre type de descripteur qui permet d&rsquo;interroger dans <em>PubMed<\/em> l&rsquo;ensemble des m\u00e9dicaments rattach\u00e9s \u00e0 une classe pharmacologique, que ceux-ci soient retenus comme mots-cl\u00e9s <em>MeSH<\/em> ou comme concepts suppl\u00e9mentaires.<\/p>\n<p>Un exemple :<\/p>\n<p><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" class=\"alignright size-full wp-image-10286\" style=\"border: 1px solid black;\" title=\"\" src=\"https:\/\/numerabilis.u-paris.fr\/medica\/blog\/wp-content\/uploads\/apixaban.jpg\" alt=\"apixaban\" width=\"350\" height=\"329\" srcset=\"https:\/\/numerabilis.u-paris.fr\/medica\/blog\/wp-content\/uploads\/apixaban.jpg 350w, https:\/\/numerabilis.u-paris.fr\/medica\/blog\/wp-content\/uploads\/apixaban-300x282.jpg 300w\" sizes=\"(max-width: 350px) 85vw, 350px\" \/>L&rsquo;<a href=\"http:\/\/www.ncbi.nlm.nih.gov\/mesh\/?term=apixaban\" target=\"_blank\">apixaban<\/a>, un nouvel anticoagulant, est un concept suppl\u00e9mentaire. Il est rattach\u00e9 aux descripteurs MeSH <a href=\"http:\/\/www.ncbi.nlm.nih.gov\/mesh\/?term=Pyrazoles\" target=\"_blank\">Pyrazoles<\/a> et <a href=\"http:\/\/www.ncbi.nlm.nih.gov\/mesh\/68011728\" target=\"_blank\">Pyridones<\/a>. Il appartient \u00e0 la classe pharmacologique <a href=\"http:\/\/www.ncbi.nlm.nih.gov\/mesh\/82065427\" target=\"_blank\">Factor Xa Inhibitors<\/a>.<\/p>\n<p>Un simple coup d\u2019\u0153il permet de voir les <strong>limites<\/strong> de cet index par rapport \u00e0 celui des mots-cl\u00e9s <em>MeSH<\/em> : les termes n\u2019appartiennent \u00e0 aucune arborescence et il n\u2019est pas possible d\u2019utiliser les options telles que l\u2019ajout d\u2019un qualificatif, la pond\u00e9ration ou l\u2019explosion.<\/p>\n<p>En revanche, il est possible de lancer la recherche \u00e0 partir du seul concept suppl\u00e9mentaire ou d\u2019associer celui-ci avec un ou plusieurs termes <em>MeSH<\/em> \u00e0 l\u2019aide des <strong>op\u00e9rateurs bool\u00e9ens<\/strong>.<\/p>\n<h2><strong>En savoir plus<\/strong><\/h2>\n<p>Si vous voulez en savoir plus sur les <em>Supplementary concepts<\/em>, vous pouvez vous reporter aux <strong>ressources (en anglais) disponibles sur le site de la NLM<\/strong>\u00a0:<\/p>\n<ul>\n<li><a href=\"https:\/\/www.nlm.nih.gov\/mesh\/intro_record_types.html\" target=\"_blank\">Sur les diff\u00e9rents types de descripteurs utilis\u00e9s pour indexer les r\u00e9f\u00e9rences d&rsquo;articles dans <em>PubMed.<\/em><\/a><\/li>\n<li><a href=\"https:\/\/www.nlm.nih.gov\/bsd\/indexing\/training\/CATD_040.html\" target=\"_blank\">Sur les <em>Supplementary concepts.<\/em><\/a><\/li>\n<\/ul>\n<p>Et bien s\u00fbr, vous pouvez <strong>vous former<\/strong> \u00e0 l&rsquo;utilisation du <em>MeSH<\/em> et de <em>PubMed<\/em> en suivant nos <a href=\"https:\/\/www.biusante.parisdescartes.fr\/aide\/formations\/sur-place.php\">formations gratuites<\/a> ou en t\u00e9l\u00e9chargeant nos <a href=\"https:\/\/www.biusante.parisdescartes.fr\/aide\/formations\/index.php\">tutoriels<\/a> en ligne.<\/p>\n<p style=\"text-align: right;\"><a href=\"m&#97;&#105;&#x6c;&#x74;&#x6f;:&#98;&#101;&#x6e;&#x6a;&#x61;mi&#110;&#x2e;&#x6d;&#x61;ce&#64;&#98;&#x69;&#x75;&#x73;a&#110;&#116;&#x65;&#x2e;&#x70;a&#114;&#105;&#x73;&#x64;&#x65;sc&#97;&#x72;&#x74;&#x65;s&#46;&#102;&#114;\" target=\"_blank\">Benjamin Mac\u00e9<\/a><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Au moment de parcourir le MeSH Database, en pr\u00e9alable \u00e0 l\u2019interrogation de la base PubMed, il arrive que l&rsquo;on rencontre un type de descripteur dont on ne comprend pas toujours le sens, voire l&rsquo;utilit\u00e9 : ce sont les Supplementary concepts. 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