En imaginant une sorte de compétition entre la bile et le sérum, liée à leurs structures différentes, Jean Pecquet était évidemment bien loin de comprendre l’origine et les fonctions de la bile, qui n’ont été que lentement découvertes au fil des siècles qui l’ont suivi.

Ses deux composants principaux sont la bilirubine (produit de dégradation de l’hémoglobine des globules rouges), qui doit être éliminée, et les acides biliaires qui jouent un rôle capital dans la digestion des graisses. Ces derniers sont si précieux qu’ils sont en grande partie réabsorbés, pour retourner au foie, après qu’ils ont accompli leur tâche dans l’intestin grêle (cycle entéro-hépatique). La bilirubine et ses produits de dégradation donnent en effet leur couleur (allant du jaune paille au brun foncé) à la bile elle-même, au sérum, aux matières fécales et à l’urine.

Pecquet et ses contemporains distinguaient deux voies biliaires, le canal cholédoque drainant la bile du foie et le cystique, celle de la vésicule. En fait, la bile sort du foie par un conduit commun (le « méat hépatique », meatus hepaticus), qui devient canal cholédoque après sa jonction avec le canal cystique, émis par la vésicule biliaire. Celle-ci est un réservoir qui emmagasine et assure l’élaboration finale (concentration) de la bile hépatique, et qui adapte sa sécrétion dans le duodénum (par l’ampoule de Vater, v. note [5], Experimenta nova anatomica, chapitre x) en fonction des prises alimentaires. La contraction vive de la vésicule (chasse biliaire) a un effet laxatif, responsable de l’envie de déféquer qui peut suivre un repas.