Une fois reçu bachelier de médecine (16 octobre 1624), Guy Patin avait disputé les trois thèses de rigueur.

• Sa première thèse quodlibétaire, le 19 décembre 1624, sous la présidence d’Élie Béda (v. note [27], lettre 155), avait porté sur la question Estne feminæ in virum mutatio αδυνατος ? [La transformation des hommes en femmes n’est-elle pas impossible ?] (thèse rédigée par Patin lui-même). Après avoir rappelé les attributs de chaque sexe, la conclusion avait été négative : l’homme peut, par dépravation, contrefaire son sexe pour prendre l’apparence d’une femme ou d’un hermaphrodite (entité dont la réalité est niée, v. note [2] du Naudæana 3) ; il se vide les bourses en faisant remonter les testicules dans l’abdomen, et emploie le scrotum pour cacher la verge flaccide et imiter les lèvres d’une vulve ; mais que survienne une excitation vénérienne, et alors toute la machine se démonte ; les testicules redescendent, le scrotum se déploie et laisse paraître au grand jour le pénis en érection ; la transformation des hommes en femmes est donc impossible.

• Sa seconde quodlibétaire, le 27 novembre 1625, sous la présidence de François Mallet, avait porté sur la question An prægnanti periculose laboranti abortus ? [Faut-il recourir à l’avortement quand une femme enceinte est atteinte d’une maladie qui met sa vie en péril ?] (thèse rédigée par Patin lui-même). La conclusion avait été négative : l’avortement qui est provoqué par les médicaments n’est pas dénué de danger ; il ne faut pas y recourir ; en revanche, des remèdes bien choisis peuvent venir à bout des maladies les plus graves de la femme enceinte, tout en préservant le fœtus ; par comparaison avec les méthodes superstitieuses (pierre d’aigle, aimant, peau d’ure), la saignée pratiquée aux bras (et non aux jarrets) est souveraine quand elle est souvent répétée, tout comme sont les applications de sangsues ou de ventouses, la purge fréquente mais douce ; il est même possible, à l’aide des eaux minérales, des diurétiques, des sudorifiques ou des frictions mercurielles, de guérir une femme atteinte de maladie vénérienne, ainsi que son fœtus.

• Sa thèse cardinale, le 26 mars 1626, sous la présidence de Denis Guérin, avait porté sur la question Datur ne certum graviditatis indicium ex urina ? [Peut-on trouver dans l’urine un signe certain de grossesse ?] » (négative, thèse rédigée par D. Guérin).