Dédié au roi Charles IX, l’ouvrage manifeste une autre ambition encore : restituer à la chirurgie les domaines délaissés aux renoueurs et charlatans de toute sorte. C’est bien en effet du champ de la chirurgie qu’il est à présent question ; Paré en étend aussi l’espace, avec les venins et les gouttes. S’il met en avant la caution de deux médecins, Robert Greaume et Raphael de Taillevis,
de manière oblique il s’autorise de la protection du roi :
"Or (sire) ayant connu le contentement qu’avez eu en recevant humainement, et prenant plaisir à revoir plusieurs fois les dix livres de la Chirurgie que je vous ai dédiés, avec le Magasin et figures des instruments nécessaires aux Chirurgiens, cela m’a donné derechef hardiesse envers votre Majesté, de lui consacrer et présenter avec toute humilité encore ceux-ci."
Le troisième livre se conclut par une Apologie touchant les playes faites par harquebuses qui répond directement aux attaques que contenait le traité de Julien Le paulmier,
De la nature et curation des playes de pistolle, publié en 1569.
