En 1791, l’Assemblée constituante supprimait les corporations, dont celles des médecins et des chirurgiens, séparées depuis le XIIIe s. Puis en 1792 l’Assemblée législative fit un sort aux universités et autres académies.
Mais alors, qui allait former les professionnels de santé ? La loi du 14 frimaire an III (4 décembre 1794, il était temps !) entérine la création de trois écoles de santé, à Paris, Montpellier et Strasbourg. Médecine et chirurgie sont enfin réunies. Chacune de ces écoles doit être pourvue d’une bibliothèque.
À Paris, l’école de santé s’installe dans l’ancienne Académie de chirurgie et le couvent des Cordeliers adjacent. Elle ouvre le 1er pluviose an III (20 janvier 1795), mais sans bibliothèque.
Un ancien professeur de chirurgie, Pierre Süe, est choisi par ses collègues pour la constituer. Il s’appuie pour ce faire sur ce qui reste de la riche bibliothèque de l’Académie de chirurgie, soit 2.000 livres environ.
Pierre Süe part alors en quête des bibliothèques confisquées aux anciennes institutions médicales. Elles attendent dans différents dépôts, aux quatre coins de Paris, au milieu des ouvrages enlevés aux émigrés, aux religieux, aux condamnés et autres suspects. Par chance, l’un des dépôts le plus important se situe justement dans le réfectoire des Cordeliers. On y retrouve la bibliothèque de l’ancienne faculté de médecine (7.500 livres), celle de la société royale de médecine (500 livres) ainsi que la collection du médecin François Thierry.
Faisant preuve d’encyclopédisme dans ses choix, Pierre Süe ne se limite pas aux seuls ouvrages médicaux : sciences naturelles, philosophie, livres de voyages et parfois romans, fables antiques… La tâche est loin d’être terminée quand ouvre la nouvelle bibliothèque, le 25 vendémiaire an IV (17 octobre 1795, il y a donc 220 ans). Ce n’est qu’en 1798 qu’un premier catalogue sera rédigé.
Cette première salle de lecture se situe alors dans l’aile gauche de l’ancienne Académie de chirurgie (actuelle salle Landouzy du pôle médecine), où elle demeurera jusqu’en 1891. Date à laquelle est inaugurée la grande salle de lecture, le long du boulevard Saint-Germain.