Peut-être certains et certaines d’entre vous ont pu le découvrir dès septembre 2019, ou encore avant sous le nom de Pubmed Labs : depuis mai dernier, Pubmed, le principal moteur de recherche en sciences biomédicales produite par la National Library of Medicine (NLM), s’est dotée d’une nouvelle interface et a fait évoluer plusieurs de ses fonctionnalités.
Nous présenterons ici les évolutions les plus significatives de la base de données. Toute l’équipe de la BIU Santé est par ailleurs sur le pont pour produire un tutoriel complet[1].
Une nouvelle interface
L’essentiel des modifications ont concerné l’interface de navigation de Pubmed :
- La nouvelle interface de la base de données s’adapte automatiquement sur smartphone, tablette ou ordinateur.
- L’affichage des résultats s’est amélioré : les mots-clefs recherchés sont maintenant surlignés en gras dans les résultats.
- Il est possible d’afficher jusque 200 résultats par page.
- L’affichage des articles et la navigation entre ceux-ci sont facilitées : vous pouvez passer rapidement d’un article à un autre à l’aide des flèches situées à droite ou à gauche (ou avec les flèches Prev et Next situées en bas de l’écran sur smartphone), et l’onglet « Articles similaires » est plus facile d’accès.
- Il vous est également plus facile de naviguer au sein de la présentation d’un article via le menu de la colonne de droite.
- L’accès au texte intégral des articles qui vous sont accessibles vous est proposé en haut à droite des notices des articles, via l’option « Full text link ».
- La majorité des options et en particulier des filtres disponibles sont toujours accessibles dans le menu à gauche de l’écran. Une nouvelle option vous permet d’afficher et d’exporter le nombre de résultats publiés par année pour votre recherche.
Ventilation des résultats par année pour une recherche sur « Down syndrome »
Cette nouvelle interface offre également de nouvelles options de citations d’articles et d’export de références :
- Depuis la page de recherche, vous pouvez sélectionner plusieurs résultats pour les exporter vers le clipboard où ils seront conservés pendant 8 heures (avec le bouton Send to) ou produire un fichier qui contienne ces références bibliographiques (avec le bouton Save). Attention toutefois, le format RIS n’est plus pris en charge : l’export dans un logiciel de gestion bibliographique nécessite de passer par le format Pubmed.
- L’option Cite (accessible dès la page de recherche) vous permet de récupérer la référence bibliographique d’un article selon la norme de votre choix (AMA, APA, MLA ou NLM).
De nouvelles modalités de recherche
Le projet initial du nouveau Pubmed est de répliquer dans la base de données des modes de recherche auxquels ses utilisateurs et utilisatrices ont l’habitude sur d’autres sites, en particulier sur les moteurs de recherche généralistes. Cette volonté se traduit par l’adoption d’un algorithme de présentation des résultats, le « Best match », sélectionné par défaut dans l’interface du nouveau Pubmed. En lieu et place du précédent mode d’affichage des références les plus pertinentes, qui recherchait la fréquence d’utilisation d’un mot-clef dans un titre, un abstract ou un article, le Best match s’appuie sur tout un ensemble de données pour ordonner les références : année de parution de la référence, type de publication, langue, etc. Ainsi remontent en premier les résultats les plus récents ou disposant du plus haut niveau de preuve (revues systématiques et méta-analyses). L’algorithme se veut par ailleurs évolutif selon les usages des utilisateurs de Pubmed.
Le bouton « Display options » vous permet de revenir à d’autres modes d’affichage des résultats, notamment par date de publication.
Outre l’implémentation de cet algorithme, la NLM a fait évoluer le fonctionnement même de la recherche sur Pubmed avec l’Automatic Term Mapping ou ATM. Lorsque vous recherchez un terme sur Pubmed, le moteur de recherche va automatiquement raccorder ce terme au mot-clef Mesh qui lui correspond ainsi qu’à tout un ensemble de synonymes : il s’agit du mapping. Ainsi, une recherche avec « cancer » va automatiquement mener au mot-clef « neoplasms ». Dans le cadre du nouveau Pubmed, cette recherche est maintenue étendue :
- à davantage de variations et de synonymes : « cancer » mène toujours à « neoplasms » mais aussi à « cancerization », « cancerous », « canceration », etc.
- aux pluriels des termes recherchés : tooth comprend teeth.
- aux équivalents anglais et américains d’un même mot : « labor pain » recherche également « labour pain ».
Les règles de troncature ont également évolué :
- Il n’y a maintenant plus de limite au nombre de variations recherchées avec une troncature (contre 600 variations maximum auparavant).
- La troncature peut être utilisée avec des guillemets pour chercher les différentes variantes d’une expression figée : ainsi, « « occupational therap* » » pour trouver « occupational therapy » et « occupational therapists », etc.
- Attention, l’utilisation d’une troncature doit être précédée d’au moins quatre caractères pour être reconnue.
Enfin, la refonte de Pubmed a permis d’améliorer la recherche avancée. Les anciennes options sont toujours disponibles : vous pouvez composer votre recherche à partir de votre historique ou en rentrant des requêtes spécifiques.
Désormais, vous pouvez aussi corriger à la volée les équations de recherche que vous composez ou y insérer les références collectées dans le clipboard.
L’historique de la recherche avancée donne également accès aux « Search details » qui vous renseignent sur la manière dont Pubmed a interprété vos requêtes.
Pourtant, la nouvelle version de Pubmed n’est pas totalement satisfaisante
Certains aléas découlent de la mise en place d’un nouveau moteur de recherche : ainsi des surinterprétations de requête et des résultats incohérents. Par exemple, si « assistive technology » mène bien au mot-clef Mesh « self help devices », « assistive game » renvoie à « dental assistants AND game ».
Par ailleurs, il est plus difficile qu’auparavant de savoir comment Pubmed a interprété vos recherches. Le « Search details » s’affichait auparavant sur la page de recherche, il est maintenant uniquement accessible dans les options de recherche avancée.
Le moteur de recherche et le fonctionnement du mapping sont encore destinés à évoluer à l’avenir : si vous détectez des erreurs ou des interprétations abusives, vous pouvez contacter la NLM via le « Help Desk ».
L’évolution de la recherche sur Pubmed a d’autres conséquences plus problématiques. Du fait de l’évolution du mapping et de la prise en charge de la troncature, une même équation de recherche utilisée sur l’ancien et le nouveau Pubmed ne renvoie plus au même nombre de résultats ni aux mêmes références. Que la différence soit marginale ou importante (et elle peut l’être : une recherche sur « haemorrhage » renvoie respectivement de 400 000 à près de 5 millions de résultats selon la version de Pubmed utilisée), elle pose un problème essentiel pour la reproduction des requêtes conçues sous l’ancienne interface.
Autre difficulté, la prise en compte des dates de publication par Pubmed[2]. A l’aide du filtre de date disponible dans la colonne de filtre ou du code de champ [DP], Pubmed permet théoriquement de retrouver l’ensemble des références parues entre deux périodes données. Le champ [DP] de chaque référence est toutefois renseigné différemment selon les publications : seule l’indication de l’année est obligatoire. Tous les résultats dotés d’une date de publication « 2020 » peuvent ainsi être captés par une recherche portant sur janvier 2020, y compris si leur publication effective est postérieure. Cela ne permet pas de disposer de résultats fiables en recherchant des publications parues sur une période précise, autrement qu’en interrogeant le champ Date de publication par années entières.
La nouvelle version de Pubmed s’avère plus efficiente et plus ergonomique si votre objectif est de faire des recherches rapides, à la volée, pour trouver une ou plusieurs références sur un sujet précis. Dans le même temps, les évolutions de la base de données mettent en péril la reproductibilité des recherches, garantie de la qualité des revues systématiques et méta-analyses : à ce jour, la même recherche réalisée sur l’ancienne et la nouvelle version de Pubmed ne donnera pas les mêmes résultats, et il est parfois difficile de savoir comment Pubmed interprète une requête complexe. Dans un cas comme dans l’autre, ces transformations nous invitent à repenser nos usages de la base de données. D’autres modifications sont encore à prévoir, en particulier l’intégration de la base Mesh et des options de compte MyNCBI dans le nouveau Pubmed.
[1] A noter que la précédente version de Pubmed, « Pubmed legacy », est accessible jusqu’au 31 octobre à cette adresse.
[2] Voir à ce sujet García-Puente, María ; Pastor-Ramon, Elena ; Agirre, Oskia ; Morán, José-María ; Herrera-Peco, Iván (2020). « Research note. Open letter to the users of the new PubMed: a critical appraisal ». Profesional de la información, v. 29, n. 3, e290336. https://doi.org/10.3145/epi.2020.may.36
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En 2015, nous avions relayé 
Du côté des logiciels de bibliographie, Zotero est en tête (63 utilisateurs), talonné par EndNote (53), puis Mendeley (10), Papers (6), ReadCube (3), JabRef (3). La situation est bien différente 