Trois questions à Nicolas de Chanaud, créateur du site LEPCAM

nicolas-de-chanaudNicolas de Chanaud est chef de clinique au département de médecine générale de l’université Paris Descartes tout en exerçant son activité clinique dans un cabinet parisien. Dans le cadre de sa thèse d’exercice, il a conçu le site LEPCAM (Lire, Écrire, Publier et Communiquer des Articles Médicaux) destiné à l’apprentissage des compétences en recherche médicale, de la PACES au post-doctorat.

Nous l’avons interrogé sur sa démarche et les raisons qui l’ont poussé à élaborer ce site.

Pourquoi ce site et à qui s’adresse-t-il ?

Je suis parti du constat qu’apprendre à faire de la recherche est indispensable à chaque étape du cursus médical mais aussi pour la recherche et la pratique clinique.

Ce site s’adresse donc à différents publics. Aux étudiants, d’abord, qui sont évalués lors des examens et passent l’épreuve de LCA (lecture critique d’article) au moment des ECN (épreuves classantes nationales), ainsi qu’aux internes réalisant leur thèse. Aux chercheurs, ensuite, qui créent du savoir et doivent publier et communiquer leurs recherches lors de congrès, aussi bien pour le progrès de leur discipline que pour l’évolution de leur carrière. Celle-ci est d’ailleurs de plus en plus fondée sur l’évaluation, comme le système des points SIGAPS, par exemple. Aux praticiens, enfin, qui doivent savoir analyser les données de la science, afin de pratiquer une médecine de qualité et être en mesure de répondre aux questions de leurs patients, des patients qui de plus en plus s’informent par eux-mêmes sur les maladies et les traitements, sur Internet ou ailleurs. Le site a pour objectif de développer la recherche qualitative et quantitative en santé, particulièrement en médecine générale, mais il s’adresse aussi aux autres disciplines.

lepcamJe suis aussi parti du constat qu’il existait finalement peu de ressources disponibles sur le sujet. Bien sûr, lors de la PACES, les étudiants disposent de polycopiés. Sur la thèse, il existe le guide d’Hervé Maisonneuve, publié par Sanofi, et pour la recherche, il y a bien les ouvrages de Louis-Rachid Salmi et de Paul Frappé, ce dernier étant d’ailleurs issu de son travail de thèse. Mais aucune de ces ressources ne prend en compte la continuité des études et de la carrière médicale, de la PACES à la recherche et à la pratique clinique. De plus, certaines ressources ne sont pas accessibles, voire payantes. Je suis très attaché à ce que le contenu de LEPCAM soit gratuit et réutilisable librement dans le cadre d’une licence Creative Commons.

Quels retours avez-vous eu après le lancement du site ?

Dans le cadre de ma thèse, j’ai proposé un questionnaire sur le site pour le faire évaluer par ses utilisateurs. Les retours sont positifs : 78% des répondants le jugent utile et sont prêts à s’en servir dans le cadre de leurs études et de leur pratique. Côté statistiques, on compte en moyenne 24 visiteurs uniques par jour.

J’ai eu l’occasion de faire un peu de communication pour promouvoir le site : je suis présent sur Facebook et sur Twitter. Actuellement, je le présente à des congrès et j’essaie de valoriser mon travail sous forme d’article.

lcaLes pages les plus consultées sont «Identifier la question et le type d’étude adapté» et «Élaborer un protocole». Vient ensuite la page sur la méthodologie de l’épreuve de LCA (lecture critique d’article).

Parmi les suggestions d’amélioration, on m’a fait remonter que certains pages étaient parfois un peu trop exhaustives. On m’a aussi demandé de rajouter des exercices sur la LCA : sont référencés ceux de la revue Prescrire et prochainement quelques sujets corrigés de LCA, toujours dans l’objectif de mettre en valeur les ressources disponibles gratuitement. Enfin, on m’a aussi demandé d’ouvrir le site aux autres disciplines de santé, aux infirmiers et aux pharmaciens, en particulier. Je suis en train d’y travailler.

Justement, comment voyez-vous l’évolution de LEPCAM ?

Comme je le disais précédemment, le site pourrait être décliné selon les différents profils des apprenants : en fonction de leur avancée dans leur cursus ou de leur discipline en santé. On pourrait aussi envisager, pour certains contenus, une rubrique avec l’information essentielle sur un thème, et une autre plus approfondie, pour aller plus loin.

À terme, je souhaiterais que le site devienne collaboratif et je voudrais impliquer les personnes qui développent une expertise sur un sujet à créer un contenu correspondant sur LEPCAM. Par exemple, je suis actuellement en relation avec une interne de médecine générale qui consacre sa thèse aux études mixtes, c’est-à-dire mêlant les approches quantitatives et qualitatives en MG. Cela serait l’occasion de développer un contenu dédié sur le site.

Propos recueillis par Benjamin Macé

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Conférence sur la pénicilline (05/10)

André Frogerais donnera une conférence à la BIU Santé sur le thème :

Les origines de la fabrication de la pénicilline en France

Andre-FrogeraisCette conférence est organisée par la société des amis de la BIU Santé (Sabium). Elle aura lieu dans la salle Landouzy du pôle Médecine de la BIU Santé mercredi 5 octobre 2016 à 17h30.

Entrée libre dans la limite des places disponibles.

Résumé

En 1897 à Lyon, le médecin militaire Ernest Duchesne est le premier scientifique à découvrir que certaines moisissures peuvent neutraliser la prolifération des bactéries, mais cette découverte reste inexploitée.

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En 1929, en Grande-Bretagne, au Saint-Mary’s Hospital de Londres, Alexander Fleming travaille sur un vaccin capable de combattre les infections bactériennes. Il découvre qu’un champignon, Penicillum notatum, synthétise une substance antibactérienne qu’il appelle pénicilline.

En 1938, à Oxford, Howard Floray, Ernst Chain et Norman Headley cherchent un moyen de produire de la pénicilline purifiée. Grâce à la lyophilisation, ils réussissent en 1940 à en produire 100 mg. La production industrielle commence aux États-Unis à partir de 1943.

En France, pendant l’Occupation, les publications scientifiques continuent à circuler. Les industriels Rhône Poulenc et Roussel, en collaboration avec l’Institut Pasteur, entreprennent des recherches en cachette des autorités allemandes et réussissent à produire de la pénicilline au stade expérimental. La pénicilline américaine débarque en France en mai 1944. Elle apparaît comme un médicament miracle, la France doit en produire, c’est un objectif national.

La Pharmacie Centrale de l’Armée commence la fabrication dès avril 1945 à Paris dans un ancien garage de la Wehrmacht, rue Cabanel, à l’initiative d’un officier de la 2°DB, le médecin-capitaine Pierre Broch. Les pouvoirs publics, les autorités scientifiques comme l’Institut Pasteur et le CNRS, les industriels proposent des stratégies différentes qui vont donner lieu à de nombreuses polémiques.

À partir de 1948, la France satisfait aux besoins de la Métropole et de ses colonies.

[Mise à jour] Retrouvez la vidéo de la conférence sur notre compte Periscope.

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Les origines de la fabrication de la pénicilline en France
Debut: 10/05/2016 05:30 pm
12, rue de l'Ecole-de-Médecine
Paris, Île-de-France
75006
FR

 

Accès modifié au pôle Médecine (20/09)

Attention, l’accès au pôle Médecine de la BIU Santé sera modifié mardi 20 septembre de 9h à 13h.

Jusqu’à 13h, l’accès à l’université se fera par le 85, boulevard Saint-Germain.

Si la porte est fermée, SONNEZ pour qu’on vous ouvre !

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Les salles de lecture seront ouvertes comme à l’accoutumée, vous pourrez donc venir travailler au 12, rue de l’École-de-Médecine. La bibliothèque sera ouverte normalement de 9h à 20h.

Nous vous prions de nous excuser pour la gêne occasionnée.

Calendrier des formations fin 2016

Il est déjà temps de s’inscrire aux formations du second semestre 2016. Le calendrier est en ligne sur le site de la BIU Santé.

Vous pouvez le consulter et vous inscrire en cliquant ici.

La foule en liesse pour s’inscrire aux formations de la BIU santé

Au programme, de septembre à décembre :

  • Des séances PubMed 1, pour tout savoir sur le MeSH, et PubMed 2, pour aller plus loin et maîtriser la recherche en langage libre.
  • Une séance consacrée à Embase, de l’éditeur Elsevier, complémentaire de PubMed, pour laquelle la BIU Santé est l’une des rares bibliothèques à proposer l’accès.
  • Une séance pour se familiariser avec le concept d’Evidence-based Medicine (EBM) et la Cochrane Library, la plus populaire des bases EBM.

Et toujours des formations à Zotero, le logiciel libre et gratuit qui permet de gérer ses références bibliographiques efficacement et qui deviendra vite indispensable pour la rédaction de vos thèses, mémoires et articles.

Les formations sont gratuites et s’adressent aux lecteurs inscrits à la bibliothèque, ainsi qu’à tous les professionnels de santé et étudiants en médecine, odontologie et sciences paramédicales, à partir de la troisième année d’étude.

L’inscription aux séances se fait directement en ligne pour les lecteurs déjà inscrits à la bibliothèque, et par courriel à l’adresse suivante pour ceux qui ne le sont pas encore.

De nouvelles formations seront annoncées au cours de l’année sur ce blog : restez connectés et suivez-nous sur les réseaux sociaux pour être tenus au courant.

Nous espérons vous retrouver nombreux dans nos formations !

L’équipe formation de la BIU Santé

Formations 2016-2017 pour les bibliothécaires de santé

La Bibliothèque interuniversitaire de Santé et l’Urfist de Paris proposent des stages en 2016-2017 à destination des collègues en poste en bibliothèque de santé (universitaire, hospitalière et autre établissement de documentation).

« Bibliothèque de santé : environnement et ressources documentaires (initiation) »

22-24 novembre 2016

Une nouvelle édition du stage « Bibliothèque de santé : environnement et ressources documentaires (initiation) » se tiendra du 22 au 24 novembre 2016, à l’université Paris Descartes.

urfistCette formation s’adresse prioritairement aux professionnels de l’information et de la documentation récemment affectés en bibliothèque de santé (universitaire et hospitalière notamment).

Elle a pour objectif de permettre aux nouveaux arrivants en bibliothèque de santé de maîtriser les outils et concepts indispensables pour exercer leurs fonctions : publics et cursus, contexte institutionnel, collections et services.

N’hésitez pas à consulter le programme et à vous inscrire à l’adresse suivante.

Les inscriptions sont ouvertes jusqu’au 30 septembre, mais ne tardez pas à vous manifester.

ATTENTION : Ce stage ne propose pas de formation pratique à l’utilisation de bases de données. Une session sur ce thème sera organisée sur 2 jours en mars 2017 (voir ci-dessous).

« Acquérir en santé »

13 janvier 2017

NOUVEAU Une session dédiée à la question spécifique des acquisitions en santé, « Acquérir en santé », est organisée le vendredi 13 janvier 2017, à l’université Paris Descartes.

Elle a pour objectifs de faire connaître les outils pour savoir acquérir, sélectionner et développer une collection sur tous supports en santé.

Elle s’adresse aux acquéreurs dans le domaine de la santé en poste en bibliothèque de santé (universitaire, hospitalière et autre établissement de documentation).

Vous pouvez d’ores et déjà consulter le programme et vous inscrire à l’adresse suivante.

« Recherche documentaire en médecine : outils et ressources »

Mars 2017

Une nouvelle édition de ce stage de 2 jours dédié spécifiquement à la manipulation des bases de données en médecine (PubMed, Cochrane Library, BDSP, LiSSa, EM-Premium…) est d’ores et déjà programmée en mars 2017.

Les dates exactes et les modalités d’inscription seront annoncées ultérieurement.

Alexandre Boutet, Benjamin Macé et Catherine Tellaa

Bibliothèque de santé : environnement et ressources documentaires (initiation)
Debut: 11/22/2016
Fin: 11/24/2016
12, rue de l'Ecole-de-Médecine
Paris, Île-de-France
75006
FR

Trouver des essais cliniques dans PubMed… et ailleurs

Récemment mis en lumière par une actualité tragique, les essais cliniques sont pourtant essentiels à la mise au point de nouveaux médicaments. Une recherche bibliographique portant sur une maladie ou un traitement peut nécessiter de cibler précisément ce type d’étude. Voici donc un petit tour d’horizon – non exhaustif – de ressources permettant de trouver des références d’essais cliniques, menés en France et dans le monde.

PubMed

La base de données Medline, produite par la NLM (National Library of Medicine, aux Etats-Unis) et accessible via l’interface PubMed, recense environ 26 millions de références d’articles, issus de plus de 5 600 revues médicales.

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Lors de l’affichage des résultats, il est possible d’utiliser dans la colonne de gauche le filtre Article Types pour limiter la recherche aux essais cliniques : pour cela, il suffit de cocher Clinical Trial.

En cliquant sur Customize sous la liste proposée par défaut, on accède à la liste complète des types d’articles référencés dans PubMed : cela permet de sélectionner les essais cliniques de phase I, phase II, phase III, etc.

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Attention, l’utilisation de PubMed est complexe et nécessite de maîtriser un langage contrôlé, le MeSH, dont l’utilisation est indispensable pour obtenir une liste de résultats courte et pertinente. Pour en savoir plus, vous pouvez assister à une formation gratuite à la BIU Santé, consulter notre tutoriel en ligne ou regarder les vidéos tutorielles DocToBib.

ClinicalTrials.gov

La base ClinicalTrials, produite par la NLM (comme PubMed), est accessible via la page d’accueil de PubMed ou directement à l’adresse https://clinicaltrials.gov/.

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Cette base donne accès à plus de 200 000 essais cliniques du monde entier. Son intérêt est qu’elle recense des essais annoncés ou en cours, donc pas encore publiés dans des revues scientifiques et non encore indexés dans PubMed. Dans la liste des résultats, la colonne Status permet de distinguer les différentes étapes de l’essai : terminé (avec résultats disponibles), terminé (résultats en cours de traitement), en cours, non débuté (en attente d’inclusion), etc.

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Un tri géographique des résultats est possible, via l’onglet On Map :

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Il permet notamment d’isoler les essais cliniques menés en France (pour cela, cliquer sur l’Europe sur la carte du monde puis sur la France elle-même).

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Pour mieux connaître le fonctionnement de ClinicalTrials, vous pouvez :

Répertoires français

En France, c’est l’ANSM (Agence nationale de sécurité du médicament et des produits de santé) qui autorise les essais cliniques et propose sur son site la consultation du Répertoire public des essais cliniques de médicaments menés en France (y compris les essais cliniques de thérapie cellulaire ou génique).

Le répertoire comprend les principales informations concernant l’essai : titre et numéro d’enregistrement européen, identité et coordonnées du promoteur, autres pays concernés (le cas échéant), brève description, objectifs et méthodologie de la recherche, ainsi que son état d’avancement.

Outre ce répertoire, il existe pour certaines pathologies des registres spécialisés, produits par d’autres institutions, en coordination avec l’ANSM :

Pour en savoir plus, consultez les pages dédiées aux essais cliniques sur le site de l’ANSM.

Répertoire européen

Le registre des essais cliniques de l’Agence européenne du médicament (EU clinical trials register) recense les essais cliniques menés dans l’Union européenne.

Mis en œuvre en 2004 conformément à la directive 2001/20/CE relative à l’application de bonnes pratiques dans la conduite d’essais cliniques de médicaments à usage humain, il est alimenté par les organismes responsables en matière d’essais cliniques des pays de l’Union.

il recense près de 28 000 essais cliniques, ainsi qu’environ 18 000 essais cliniques en pédiatrie.

Répertoire mondial

Un nouveau portail, OpenTrials, apparu en 2015, se donne pour objectif de recenser les essais cliniques du monde entier.

Pour en savoir plus, vous pouvez lire cet article (en anglais) paru dans BioMedCentral.

Benjamin Macé

Enquête sur les usages et les besoins des chercheurs

Le Ministère de l’Éducation nationale, de l’Enseignement supérieur et de la Recherche a créé un nouveau dispositif documentaire appelé CollEx (« Collections d’Excellence »), visant à prendre le relais, dans un cadre élargi, des Centres d’Acquisition et de Diffusion de l’Information Scientifique et Technique (CADIST).

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L’objectif est de mieux répondre aux besoins actuels des chercheurs dans leur recherche d’information et de documentation, imprimée ou numérique, tant en sciences humaines et sociales, qu’en sciences exactes, techniques et médicales.

Dans ce contexte, le ministère lance une enquête en ligne pour connaître les usages et recueillir les besoins et les attentes de la communauté scientifique dans ce domaine.

Si vous êtes enseignant-chercheur, chercheur, doctorant, ou étudiant en Master 2 Recherche, votre avis sur ce sujet est important. Nous vous remercions vivement de votre collaboration.

Merci de participer à cette enquête en cliquant ici.

Raison, sentiments et binge drinking : le MeSH 2016

Comme chaque année, la NLM (National Library of Medicine) a mis à jour le MeSH (Medical Subject Headings), la liste de mots-clés qui permet d’interroger la base PubMed de façon fine et pertinente.

Le MeSH, kézako ?

Le MeSH est ce qu’on appelle un vocabulaire contrôlé (ou thésaurus), c’est-à-dire une liste de mots-clés normalisés et hiérarchisés, utilisés pour décrire le contenu des documents, dans notre cas les articles référencés dans PubMed.

Le MeSH comprend environ 27 000 termes qui couvrent l’ensemble du savoir biomédical. Concrètement, lors de la parution du numéro d’une revue indexée dans PubMed, les bibliothécaires de la NLM, aidés par des médecins spécialistes du domaine, attribuent à chaque référence une dizaine de mots-clés pour décrire le contenu de l’article. Ces mêmes mots-clés, employés par l’utilisateur de PubMed, permettent de cibler les documents correspondant à un sujet de recherche.

L’emploi du MeSH est donc indispensable pour ne pas crouler sous le nombre de références et obtenir une liste de résultats pertinente et exploitable dans PubMed.

Un langage évolutif

Le savoir médical évolue et l’on ne s’étonnera pas que la NLM, afin de prendre en compte les nouvelles découvertes (nouveau virus, par exemple) ou les nouvelles techniques, se charge de mettre à jour le thésaurus chaque année. Ainsi les descripteurs Acquired Immunodeficiency Syndrome (le sida) et Severe acute respiratory syndrome (le SRAS) ont été ajoutés à la liste respectivement en 1983 et 2003. La cigarette électronique (Electronic Cigarettes) a, elle, fait son apparition l’an dernier, preuve de l’augmentation significative de la production d’articles médicaux sur le sujet.

Les nouveautés 2016

Parmi les nouveautés 2016, on trouve bien sûr de nombreux termes médicaux comme Human Embryonic Stem Cells (cellules souches de l’embryon humain) ou encore… Emtricitabine, Tenofovir Disoproxil Fumarate Drug Combination (par exemple) !

Binge Drinking : un fléau pas si nouveau ?
Binge Drinking : un fléau pas si nouveau ?

Mais on note aussi que le MeSH est en phase avec l’actualité et les évolutions de la société avec des descripteurs relatifs au végétalisme (Vegans et Diet, Vegan), au binge drinking (Alcohol Drinking in College et Underage Drinking), aux questions de genre (Gender Dysphoria) – en relation avec la parution récente du DSM-5 -, aux migrants (Undocumented Immigrants) et aux données personnelles (Personnally Identifiable Information). Le smartphone se voit aussi consacré par le thésaurus, même si, comme dans le cas de la cigarette électronique, c’est l’augmentation du nombre d’articles scientifiques sur le sujet qui explique ce couronnement.

Les bibliothèques et la documentation ne sont pas oubliées, avec l’apparition d’un mot-clé Open Access Publishing (publication en open access), un des enjeux majeurs de la publication scientifique aujourd’hui, mais aussi l’ajout de la notion de bibliothèques spécialisées (Libraries, Special).

De manière plus anecdotique, l’huile d’olive (Olive Oil) fait son entrée dans le thesaurus (avant son inscription au patrimoine immatériel de l’UNESCO ?) ainsi que raison (Self Control) et sentiments (Optimism, Pessimism). Le MeSH peut être aussi fleur bleu (Romanticism), métaphysique (Origin of life) et fraye même avec le paranormal (Spirit Possesssion) !

Précisons que les traductions françaises proposées ici ne sont qu’indicatives. En France, c’est l’Inserm qui, à la suite d’une convention avec la NLM, a la responsabilité de la traduction française du MeSH et en propose la consultation sur son site. L’équipe du CISMeF du CHU de Rouen propose également un outil terminologique (HeTOP), qui permet, à partir d’un terme français, de trouver le descripteur MeSH correspondant, en français et en anglais.

Apprendre à utiliser le MeSH

Si vous souhaitez vous familiariser avec le MeSH, la BIU Santé organise régulièrement des formations à PubMed (environ une par mois) consacrées à la maîtrise du MeSH et à son utilisation dans PubMed. Vous pouvez aussi consulter notre tutoriel disponible en ligne sur le site de la BIU Santé.

Et n’oubliez pas les vidéos tutorielles sur la chaîne DocToBib.

Benjamin Macé