Étiquette : PubMed

Calendrier des formations fin 2016

Auteur Benjamin MacéPublié le

Il est déjà temps de s’inscrire aux formations du second semestre 2016. Le calendrier est en ligne sur le site de la BIU Santé.

Vous pouvez le consulter et vous inscrire en cliquant ici.

La foule en liesse pour s’inscrire aux formations de la BIU santé

Au programme, de septembre à décembre :

  • Des séances PubMed 1, pour tout savoir sur le MeSH, et PubMed 2, pour aller plus loin et maîtriser la recherche en langage libre.
  • Une séance consacrée à Embase, de l’éditeur Elsevier, complémentaire de PubMed, pour laquelle la BIU Santé est l’une des rares bibliothèques à proposer l’accès.
  • Une séance pour se familiariser avec le concept d’Evidence-based Medicine (EBM) et la Cochrane Library, la plus populaire des bases EBM.

Et toujours des formations à Zotero, le logiciel libre et gratuit qui permet de gérer ses références bibliographiques efficacement et qui deviendra vite indispensable pour la rédaction de vos thèses, mémoires et articles.

Les formations sont gratuites et s’adressent aux lecteurs inscrits à la bibliothèque, ainsi qu’à tous les professionnels de santé et étudiants en médecine, odontologie et sciences paramédicales, à partir de la troisième année d’étude.

L’inscription aux séances se fait directement en ligne pour les lecteurs déjà inscrits à la bibliothèque, et par courriel à l’adresse suivante pour ceux qui ne le sont pas encore.

De nouvelles formations seront annoncées au cours de l’année sur ce blog : restez connectés et suivez-nous sur les réseaux sociaux pour être tenus au courant.

Nous espérons vous retrouver nombreux dans nos formations !

L’équipe formation de la BIU Santé

Formations 2016-2017 pour les bibliothécaires de santé

Auteur Benjamin MacéPublié le

La Bibliothèque interuniversitaire de Santé et l’Urfist de Paris proposent des stages en 2016-2017 à destination des collègues en poste en bibliothèque de santé (universitaire, hospitalière et autre établissement de documentation).

« Bibliothèque de santé : environnement et ressources documentaires (initiation) »

22-24 novembre 2016

Une nouvelle édition du stage « Bibliothèque de santé : environnement et ressources documentaires (initiation) » se tiendra du 22 au 24 novembre 2016, à l’université Paris Descartes.

urfistCette formation s’adresse prioritairement aux professionnels de l’information et de la documentation récemment affectés en bibliothèque de santé (universitaire et hospitalière notamment).

Elle a pour objectif de permettre aux nouveaux arrivants en bibliothèque de santé de maîtriser les outils et concepts indispensables pour exercer leurs fonctions : publics et cursus, contexte institutionnel, collections et services.

N’hésitez pas à consulter le programme et à vous inscrire à l’adresse suivante.

Les inscriptions sont ouvertes jusqu’au 30 septembre, mais ne tardez pas à vous manifester.

ATTENTION : Ce stage ne propose pas de formation pratique à l’utilisation de bases de données. Une session sur ce thème sera organisée sur 2 jours en mars 2017 (voir ci-dessous).

« Acquérir en santé »

13 janvier 2017

NOUVEAU Une session dédiée à la question spécifique des acquisitions en santé, « Acquérir en santé », est organisée le vendredi 13 janvier 2017, à l’université Paris Descartes.

Elle a pour objectifs de faire connaître les outils pour savoir acquérir, sélectionner et développer une collection sur tous supports en santé.

Elle s’adresse aux acquéreurs dans le domaine de la santé en poste en bibliothèque de santé (universitaire, hospitalière et autre établissement de documentation).

Vous pouvez d’ores et déjà consulter le programme et vous inscrire à l’adresse suivante.

« Recherche documentaire en médecine : outils et ressources »

Mars 2017

Une nouvelle édition de ce stage de 2 jours dédié spécifiquement à la manipulation des bases de données en médecine (PubMed, Cochrane Library, BDSP, LiSSa, EM-Premium…) est d’ores et déjà programmée en mars 2017.

Les dates exactes et les modalités d’inscription seront annoncées ultérieurement.

Alexandre Boutet, Benjamin Macé et Catherine Tellaa

Bibliothèque de santé : environnement et ressources documentaires (initiation)
Debut: 11/22/2016
Fin: 11/24/2016
12, rue de l'Ecole-de-Médecine
Paris, Île-de-France
75006
FR

Trouver des essais cliniques dans PubMed… et ailleurs

Auteur Benjamin MacéPublié le

Récemment mis en lumière par une actualité tragique, les essais cliniques sont pourtant essentiels à la mise au point de nouveaux médicaments. Une recherche bibliographique portant sur une maladie ou un traitement peut nécessiter de cibler précisément ce type d’étude. Voici donc un petit tour d’horizon – non exhaustif – de ressources permettant de trouver des références d’essais cliniques, menés en France et dans le monde.

PubMed

La base de données Medline, produite par la NLM (National Library of Medicine, aux Etats-Unis) et accessible via l’interface PubMed, recense environ 26 millions de références d’articles, issus de plus de 5 600 revues médicales.

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Lors de l’affichage des résultats, il est possible d’utiliser dans la colonne de gauche le filtre Article Types pour limiter la recherche aux essais cliniques : pour cela, il suffit de cocher Clinical Trial.

En cliquant sur Customize sous la liste proposée par défaut, on accède à la liste complète des types d’articles référencés dans PubMed : cela permet de sélectionner les essais cliniques de phase I, phase II, phase III, etc.

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Attention, l’utilisation de PubMed est complexe et nécessite de maîtriser un langage contrôlé, le MeSH, dont l’utilisation est indispensable pour obtenir une liste de résultats courte et pertinente. Pour en savoir plus, vous pouvez assister à une formation gratuite à la BIU Santé, consulter notre tutoriel en ligne ou regarder les vidéos tutorielles DocToBib.

ClinicalTrials.gov

La base ClinicalTrials, produite par la NLM (comme PubMed), est accessible via la page d’accueil de PubMed ou directement à l’adresse https://clinicaltrials.gov/.

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Cette base donne accès à plus de 200 000 essais cliniques du monde entier. Son intérêt est qu’elle recense des essais annoncés ou en cours, donc pas encore publiés dans des revues scientifiques et non encore indexés dans PubMed. Dans la liste des résultats, la colonne Status permet de distinguer les différentes étapes de l’essai : terminé (avec résultats disponibles), terminé (résultats en cours de traitement), en cours, non débuté (en attente d’inclusion), etc.

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Un tri géographique des résultats est possible, via l’onglet On Map :

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Il permet notamment d’isoler les essais cliniques menés en France (pour cela, cliquer sur l’Europe sur la carte du monde puis sur la France elle-même).

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Pour mieux connaître le fonctionnement de ClinicalTrials, vous pouvez :

Répertoires français

En France, c’est l’ANSM (Agence nationale de sécurité du médicament et des produits de santé) qui autorise les essais cliniques et propose sur son site la consultation du Répertoire public des essais cliniques de médicaments menés en France (y compris les essais cliniques de thérapie cellulaire ou génique).

Le répertoire comprend les principales informations concernant l’essai : titre et numéro d’enregistrement européen, identité et coordonnées du promoteur, autres pays concernés (le cas échéant), brève description, objectifs et méthodologie de la recherche, ainsi que son état d’avancement.

Outre ce répertoire, il existe pour certaines pathologies des registres spécialisés, produits par d’autres institutions, en coordination avec l’ANSM :

Pour en savoir plus, consultez les pages dédiées aux essais cliniques sur le site de l’ANSM.

Répertoire européen

Le registre des essais cliniques de l’Agence européenne du médicament (EU clinical trials register) recense les essais cliniques menés dans l’Union européenne.

Mis en œuvre en 2004 conformément à la directive 2001/20/CE relative à l’application de bonnes pratiques dans la conduite d’essais cliniques de médicaments à usage humain, il est alimenté par les organismes responsables en matière d’essais cliniques des pays de l’Union.

il recense près de 28 000 essais cliniques, ainsi qu’environ 18 000 essais cliniques en pédiatrie.

Répertoire mondial

Un nouveau portail, OpenTrials, apparu en 2015, se donne pour objectif de recenser les essais cliniques du monde entier.

Pour en savoir plus, vous pouvez lire cet article (en anglais) paru dans BioMedCentral.

Benjamin Macé

PubMed : le MeSH et les concepts supplémentaires

Auteur biusantePublié le

Au moment de parcourir le MeSH Database, en préalable à l’interrogation de la base PubMed, il arrive que l’on rencontre un type de descripteur dont on ne comprend pas toujours le sens, voire l’utilité : ce sont les Supplementary concepts. Que sont donc ces «concepts supplémentaires» et à quoi peuvent-ils servir pour interroger PubMed ?

Quelques rappels sur le MeSH

Pour commencer, rappelons que le MeSH (Medical Subject Headings) est un vocabulaire contrôlé (ou thésaurus), c’est-à-dire une liste de mots-clés normalisés et hiérarchisés, utilisé pour décrire le contenu des articles référencés dans PubMed.

Le MeSH comprend (en 2016) environ 27.000 termes, répartis en 16 arborescences et couvrant l’ensemble du savoir biomédical. Concrètement, lors de la parution du numéro d’une revue indexée dans PubMed, les bibliothécaires de la NLM (la National Library of Medicine, aux États-Unis), aidés par des médecins spécialistes du domaine, attribuent à chaque référence une dizaine de mots-clés pour décrire le contenu de l’article. Ces mêmes mots-clés, employés par l’utilisateur de PubMed, permettent de cibler les documents correspondant à un sujet de recherche.

mesh Continuer la lecture de « PubMed : le MeSH et les concepts supplémentaires »

En vidéo, découvrez la NLM de… 1963

Auteur biusantePublié le

La National Library of Medicine vient de mettre en ligne un film de 1963, au charme suranné, présentant ses missions de l’époque – encore d’actualité pour la plupart.

Après l’inauguration du nouveau bâtiment de Bethesda le 14 décembre 1961, on découvre les origines militaires de l’institution (Joseph Lovell en 1836), et le premier bâtiment de briques rouges ouvert au public à Washington en 1888.

Ce court documentaire (24 mn, sous-titrage anglais disponible) présente ensuite la NLM au moment où elle emménage dans ses locaux flambant neufs. Le travail en coulisses est détaillé au grand jour, à l’aube de l’informatisation : la collecte de la littérature médicale du monde entier, pour alimenter l’Index Medicus, ancêtre de PubMed (que vous pouvez toujours consulter dans la salle Landouzy du pôle Médecine de la BIU Santé), le choix des Subject Headings, sans oublier les collections patrimoniales (avec la Fabrique de Vésale en vedette américaine).

Si les bibliothécaires à chignon et les machines à écrire sont moins courantes de nos jours, on se plaint déjà de la prolifération excessive des documents (180.000 par an !) et l’on envisage le futur, avec Medlars, qui servira de base à PubMed trente ans plus tard.

Un témoignage passionnant sur la plus grande bibliothèque médicale du monde.

Nouvelle base de données LiSSa, en français

Auteur biusantePublié le

On l’attendait depuis plus d’un an, l’équipe du CISMeF vient de lancer officiellement une nouvelle base de données bibliographique médicale en langue française.

Le projet BDBfr donne ainsi naissance à LiSSa, pour LIttérature Scientifique en SAnté.

lissa_400-300x101« Cette base de données comprend aujourd’hui plus de 800 000 références issues de PubMed mais aussi de 72 journaux scientifiques qui n’y figurent pas et de 53 qui y figurent de façon incomplète. Si l’on considère uniquement les années supérieures à 2000, la moitié du contenu de LiSSa est inédite. Plus de 80 000 résumés en français sont également proposés.
La liste des périodiques apparaissant dans LiSSa est disponible à cette adresse http://www.lissa.fr/rep/revues. »

La base LiSSa, gratuite, est principalement destinée aux professionnels de santé. Elle propose des références de contenus gratuits ou payants, provenant de supports papier ou numérique (revues, encyclopédies, ouvrages…).

Ce projet, issu d’un travail considérable, s’étoffera encore dans les mois qui viennent.

À suivre !

En savoir plus

FAQ détaillant le projet

Calendrier des formations 2016

Auteur biusantePublié le

Le nouveau calendrier des formations est en ligne !

Le calendrier des formations proposées pour le premier semestre 2016 est en ligne sur le site de la BIU Santé.

Vous pouvez le consulter et vous inscrire en cliquant ici.

FormationLes formations sont gratuites et s’adressent aux lecteurs inscrits à la bibliothèque, ainsi qu’à tous les professionnels de santé et étudiants en médecine, odontologie et sciences paramédicales, à partir de la troisième année d’étude.

Attention, les formations du pôle Pharmacie (en vert) sont réservées aux étudiants de 5e et 6e années préparant leur thèse d’exercice de pharmacie.

L’inscription aux séances se fait directement en ligne pour les lecteurs inscrits et par courriel à l’adresse suivante pour ceux qui ne le sont pas encore.

Des formations mensuelles sont proposées pour maîtriser PubMed, la base de référence en médecine, et Zotero, un logiciel de gestion de références bibliographiques qui deviendra vite indispensable à la rédaction de votre thèse et de vos articles.

Une séance est également programmée pour faire le point sur le concept d’Evidence-Based Medicine (EBM) et pour apprendre à manipuler les bases d’EBM, dont la plus populaire d’entre elles, la Cochrane Library.

Nous avons le plaisir de proposer à nouveau la formation à la base Embase, annulée précédemment en raison du désabonnement à cette ressource. Embase est un complément indispensable à PubMed par sa couverture des revues européennes et des domaines de la pharmacologie et de la toxicologie.

De nouvelles formations seront annoncées au cours de l’année sur ce blog : restez connectés et suivez-nous sur les réseaux sociaux pour être tenu au courant.

Nous espérons vous retrouver nombreux dans nos formations !

Alexandre Boutet, Benjamin Macé et Françoise Zentz

Raison, sentiments et binge drinking : le MeSH 2016

Auteur Benjamin MacéPublié le

Comme chaque année, la NLM (National Library of Medicine) a mis à jour le MeSH (Medical Subject Headings), la liste de mots-clés qui permet d’interroger la base PubMed de façon fine et pertinente.

Le MeSH, kézako ?

Le MeSH est ce qu’on appelle un vocabulaire contrôlé (ou thésaurus), c’est-à-dire une liste de mots-clés normalisés et hiérarchisés, utilisés pour décrire le contenu des documents, dans notre cas les articles référencés dans PubMed.

Le MeSH comprend environ 27 000 termes qui couvrent l’ensemble du savoir biomédical. Concrètement, lors de la parution du numéro d’une revue indexée dans PubMed, les bibliothécaires de la NLM, aidés par des médecins spécialistes du domaine, attribuent à chaque référence une dizaine de mots-clés pour décrire le contenu de l’article. Ces mêmes mots-clés, employés par l’utilisateur de PubMed, permettent de cibler les documents correspondant à un sujet de recherche.

L’emploi du MeSH est donc indispensable pour ne pas crouler sous le nombre de références et obtenir une liste de résultats pertinente et exploitable dans PubMed.

Un langage évolutif

Le savoir médical évolue et l’on ne s’étonnera pas que la NLM, afin de prendre en compte les nouvelles découvertes (nouveau virus, par exemple) ou les nouvelles techniques, se charge de mettre à jour le thésaurus chaque année. Ainsi les descripteurs Acquired Immunodeficiency Syndrome (le sida) et Severe acute respiratory syndrome (le SRAS) ont été ajoutés à la liste respectivement en 1983 et 2003. La cigarette électronique (Electronic Cigarettes) a, elle, fait son apparition l’an dernier, preuve de l’augmentation significative de la production d’articles médicaux sur le sujet.

Les nouveautés 2016

Parmi les nouveautés 2016, on trouve bien sûr de nombreux termes médicaux comme Human Embryonic Stem Cells (cellules souches de l’embryon humain) ou encore… Emtricitabine, Tenofovir Disoproxil Fumarate Drug Combination (par exemple) !

Binge Drinking : un fléau pas si nouveau ?
Binge Drinking : un fléau pas si nouveau ?

Mais on note aussi que le MeSH est en phase avec l’actualité et les évolutions de la société avec des descripteurs relatifs au végétalisme (Vegans et Diet, Vegan), au binge drinking (Alcohol Drinking in College et Underage Drinking), aux questions de genre (Gender Dysphoria) – en relation avec la parution récente du DSM-5 -, aux migrants (Undocumented Immigrants) et aux données personnelles (Personnally Identifiable Information). Le smartphone se voit aussi consacré par le thésaurus, même si, comme dans le cas de la cigarette électronique, c’est l’augmentation du nombre d’articles scientifiques sur le sujet qui explique ce couronnement.

Les bibliothèques et la documentation ne sont pas oubliées, avec l’apparition d’un mot-clé Open Access Publishing (publication en open access), un des enjeux majeurs de la publication scientifique aujourd’hui, mais aussi l’ajout de la notion de bibliothèques spécialisées (Libraries, Special).

De manière plus anecdotique, l’huile d’olive (Olive Oil) fait son entrée dans le thesaurus (avant son inscription au patrimoine immatériel de l’UNESCO ?) ainsi que raison (Self Control) et sentiments (Optimism, Pessimism). Le MeSH peut être aussi fleur bleu (Romanticism), métaphysique (Origin of life) et fraye même avec le paranormal (Spirit Possesssion) !

Précisons que les traductions françaises proposées ici ne sont qu’indicatives. En France, c’est l’Inserm qui, à la suite d’une convention avec la NLM, a la responsabilité de la traduction française du MeSH et en propose la consultation sur son site. L’équipe du CISMeF du CHU de Rouen propose également un outil terminologique (HeTOP), qui permet, à partir d’un terme français, de trouver le descripteur MeSH correspondant, en français et en anglais.

Apprendre à utiliser le MeSH

Si vous souhaitez vous familiariser avec le MeSH, la BIU Santé organise régulièrement des formations à PubMed (environ une par mois) consacrées à la maîtrise du MeSH et à son utilisation dans PubMed. Vous pouvez aussi consulter notre tutoriel disponible en ligne sur le site de la BIU Santé.

Et n’oubliez pas les vidéos tutorielles sur la chaîne DocToBib.

Benjamin Macé

Faire corriger une erreur dans PubMed

Auteur biusantePublié le

Une question qui nous est parfois posée au bureau de renseignements : dans PubMed, comment faire si des erreurs figurent dans une référence d’article (erreur dans le titre, le nom d’un auteur, etc.) ?

Il faut déjà repérer où en est le processus de validation de la référence dans PubMed.

Auparavant, cette information apparaissait directement dans les pages de résultats sous les références. Ce n’est plus le cas avec l’affichage par défaut. Pour la retrouver, passer l’affichage des résultats en Abstract (au lieu de Summary, qui est l’affichage par défaut, tout à fait en haut à gauche, au-dessus de la mention «Results»). On retrouve alors l’indication qui nous intéresse à côté du PMID de chaque référence.

On peut aussi retrouver cette mention sur chaque référence d’article, en bas sous le résumé, toujours à côté du PMID :

Si la référence est indiquée comme [PubMed – in process] ou [PubMed – as supplied by publisher], c’est qu’elle n’a pas encore été visée par les documentalistes de la NLM. Elle est donc davantage susceptible de contenir des erreurs. Et s’il s’agit de la version [as supplied by publisher], c’est d’abord auprès de l’éditeur en question qu’il convient d’effectuer la demande de correction.

Pour les articles déjà validés, indiqués comme [PubMed – indexed for MEDLINE] :

– Si l’erreur figure déjà dans la revue, c’est l’éditeur qu’il faut contacter. Pour qu’il corrige sur son propre site, et qu’il contacte PubMed en vue de la correction (en utilisant l’aide en ligne qui se trouve ici, en anglais).

– Si l’erreur provient de la saisie de la référence dans PubMed, il faut contacter le “Help Desk” de la NLM via le formulaire proposé à cette adresse,en indiquant les éléments suivants :

  • l’identifiant PMID (e.g., PMID: 1234567), identifiant de la référence dans PubMed
  • le titre de la revue et l’indication des numéros de volume, fascicule et pages
  • le titre de l’article
  • le nom du 1er auteur sous la forme Nom + Initiale du prénom (exemple, Jones JA)
  • une indication claire de l’information incorrecte et de l’information correcte

Claudie Moustrou

 

Formations 2015

Auteur biusantePublié le

Le nouveau calendrier des formations est en ligne !

Le calendrier des formations proposées pour le premier semestre 2015 est en ligne sur le site de la BIU Santé.

Vous pouvez le consulter et vous inscrire en cliquant ici.

Foule des grands jours pour la séance PubMed du 15 janvier 1908

Les formations sont gratuites et s’adressent aux lecteurs inscrits à la bibliothèque, ainsi qu’à tous les professionnels de santé et étudiants en médecine, odontologie et sciences paramédicales, à partir de la troisième année d’étude.

L’inscription aux séances se fait directement en ligne pour les lecteurs inscrits et par courriel à l’adresse suivante pour ceux qui ne le sont pas encore.

Des formations mensuelles sont proposées pour maîtriser PubMed, la base de référence en médecine, et Zotero, un logiciel de gestion de références bibliographiques qui deviendra vite indispensable à la rédaction de votre thèse et de vos articles. Des séances sont également programmées pour faire le point sur le concept d’Evidence-Based Medicine (EBM) et pour apprendre à manipuler la Cochrane Library, la plus populaire des bases d’EBM.

De nouvelles formations seront annoncées au cours de l’année sur ce blog : restez connectés et suivez-nous sur les réseaux sociaux pour être tenu au courant.

Nous espérons vous retrouver nombreux dans nos formations !

Alexandre Boutet et Benjamin Macé